Homotoxine (Giftstoffe) können entweder als schädliche Stoffwechselprodukte im Körper entstehen (endogene Gifte) oder dem Körper von außen über die Nahrung oder Umwelt zugeführt werden (exogene Gifte).
Diese Homotoxine stören das physiologische Gleichgewicht und rufen im Körper eine Giftabwehrreaktion hervor, die sich als Krankheit darstellt. Art und Schädlichkeit der Homotoxine hängen zum einen von der Abwehrkraft und Regulationsfähigkeit des Organismus und zum anderen auch von der Art,  Reizstärke und Einwirkungsdauer des Toxins ab.
Krankheit ist nach der Homotoxikologie Zeichen einer Auseinandersetzung des Körpers mit toxisch wirkenden Substanzen. Grundsätzlich ist der Körper bestrebt, schädliche Stoffe unschädlich zu machen oder auszuscheiden; wenn dies nicht gelingt, erkrankt er.

Das Ziel der Homotoxikologie ist die Stärkung des Immunsystems durch Ausscheiden von Giften, um die Stimulation der Selbstheilungskräfte und die Wiederherstellung des biologischen Gleichgewichts zu ermöglichen.